在麦哲伦之后，西班牙人又多次航海前往菲律宾，但多数铩羽而归，只有两次得以成功，一次是萨维德拉（Alvaro de Saavedra Ceron 阿尔巴罗·德·萨维德拉·瑟伦）带领的船队，于1528登陆菲律宾。
另一次是比利亚洛沃斯（Ruy Lopez de Villalobos 鲁伊·洛佩斯·德比利亚洛沃斯）带领的船队，于1543年在菲律宾登陆。正是比利亚洛沃斯以当时西班牙王储、后来成为国王的腓力二世（Philip II of Spain）的名字，命名了菲律宾群岛（西语 Las Filipinas 英语 Philippine Islands）。
最后，以拓殖探险队在航海家莱加斯皮（Miguel Lopez de Legazpi 米格尔·洛佩斯·德莱加斯皮）的带领下，于1565年在菲律宾的登陆，结束对菲律宾的探险时期，正式进入西班牙对菲律宾的殖民时期。
西属东印度群岛（英语 Spanish East Indies 西语 Indias Orientales Espanolas），除菲律宾群岛以外，还包括西班牙占领的其它西南太平洋岛屿（Southwest Pacific islands）。行政区划上被称为菲律宾都督府（英语 Captaincy General of the Philippines 西语 Capitania General de Filipinas），隶属于新西班牙总督辖区（英语 Viceroyalty of New Spain 西语 Virreinato de Nueva Espana），也就是以墨西哥为中心的、西班牙在美洲的殖民地。所以尽管菲律宾都督府的行政首脑也叫总督（Governor-General），但还是比新西班牙总督的级别低。
1570年，莱加斯皮派两位将领率队北上吕宋（Luzon）探险，探险队当年到达吕宋岛。
马尼拉有人类定居的历史可追溯到在公元前 3000 年，到西班牙人登陆吕宋岛，当时在帕西格河（Pasig River）三角洲南部、也就是现在的西班牙王城（Intramuros）所在位置，存在一个伊斯兰化的政体、由拉贾（Rajah，或称酋长）统治的马尼拉拉贾国（Rajahnate of Maynila），它是文莱苏丹国（Sultanate of Brunei）的属国。