在麦哲伦之后,西班牙人又多次航海前往菲律宾,但多数铩羽而归,只有两次得以成功,一次是萨维德拉(Alvaro de Saavedra Ceron 阿尔巴罗·德·萨维德拉·瑟伦)带领的船队,于1528登陆菲律宾。
另一次是比利亚洛沃斯(Ruy Lopez de Villalobos 鲁伊·洛佩斯·德比利亚洛沃斯)带领的船队,于1543年在菲律宾登陆。正是比利亚洛沃斯以当时西班牙王储、后来成为国王的腓力二世(Philip II of Spain)的名字,命名了菲律宾群岛(西语 Las Filipinas 英语 Philippine Islands)。
最后,以拓殖探险队在航海家莱加斯皮(Miguel Lopez de Legazpi 米格尔·洛佩斯·德莱加斯皮)的带领下,于1565年在菲律宾的登陆,结束对菲律宾的探险时期,正式进入西班牙对菲律宾的殖民时期。
西属东印度群岛(英语 Spanish East Indies 西语 Indias Orientales Espanolas),除菲律宾群岛以外,还包括西班牙占领的其它西南太平洋岛屿(Southwest Pacific islands)。行政区划上被称为菲律宾都督府(英语 Captaincy General of the Philippines 西语 Capitania General de Filipinas),隶属于新西班牙总督辖区(英语 Viceroyalty of New Spain 西语 Virreinato de Nueva Espana),也就是以墨西哥为中心的、西班牙在美洲的殖民地。所以尽管菲律宾都督府的行政首脑也叫总督(Governor-General),但还是比新西班牙总督的级别低。
1570年,莱加斯皮派两位将领率队北上吕宋(Luzon)探险,探险队当年到达吕宋岛。
马尼拉有人类定居的历史可追溯到在公元前 3000 年,到西班牙人登陆吕宋岛,当时在帕西格河(Pasig River)三角洲南部、也就是现在的西班牙王城(Intramuros)所在位置,存在一个伊斯兰化的政体、由拉贾(Rajah,或称酋长)统治的马尼拉拉贾国(Rajahnate of Maynila),它是文莱苏丹国(Sultanate of Brunei)的属国。